玛瑙:按颜色分有红、蓝、绿、紫、青、白、酱斑、金黄以及浆水玛瑙、五色锦屏玛瑙等,其中以蓝玛瑙、金黄玛瑙较稀见。
水晶:除无色水晶外,雨花石中含有烟晶、茶晶、黄晶、蔷薇水晶、紫晶、鬃晶、髪晶等,以后三种观赏效果较好,紫晶形端色鲜者为珍品。
玉髓:亦称石髓,雨花石中常见的有葡萄状、钟乳状的,色彩以灰白、乳白居多,也有少量的呈鲜红、深红、葱绿诸色,火红极艳者,较为难得。
蛋白石:南京雨花石中的蛋白石,质纯,色艳,极具润感,如雾如烟,扑朔迷离,有单色也有复色,色彩极具柔和感,有两种色彩的蛋白石,色与色之间浑然天成。
化石:南京雨花石中的化石有动物化石、植物化石,以珊瑚化石居多,一般以有色彩,硅化程度高,形象居于石之平面的为佳品。